MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden str. 2007-60-3289-1

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187093	ATG	2	6	110	115	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249674
2	NT_187093	TGTT	2	8	132	139	0 %	75 %	25 %	0 %	409249674
3	NT_187093	TTG	2	6	162	167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409249674
4	NT_187093	GCC	2	6	296	301	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249674
5	NT_187093	GCC	2	6	363	368	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249674
6	NT_187093	TGC	2	6	370	375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249674
7	NT_187093	CAACCA	3	18	414	431	50 %	0 %	0 %	50 %	409249674
8	NT_187093	CGC	2	6	446	451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249674
9	NT_187093	TGC	2	6	460	465	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249674
10	NT_187093	CT	3	6	476	481	0 %	50 %	0 %	50 %	409249674
11	NT_187093	ATC	2	6	521	526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249674
12	NT_187093	A	6	6	582	587	100 %	0 %	0 %	0 %	409249674
13	NT_187093	ATTT	2	8	817	824	25 %	75 %	0 %	0 %	409249675
14	NT_187093	T	6	6	846	851	0 %	100 %	0 %	0 %	409249675
15	NT_187093	AGGT	2	8	997	1004	25 %	25 %	50 %	0 %	409249675
16	NT_187093	ATCGTA	2	12	1071	1082	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409249675
17	NT_187093	TTA	2	6	1088	1093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249675
18	NT_187093	A	9	9	1519	1527	100 %	0 %	0 %	0 %	409249676
19	NT_187093	GGA	3	9	1600	1608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249676
20	NT_187093	TGAAAA	2	12	1677	1688	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	409249676
21	NT_187093	TGA	2	6	1704	1709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249676
22	NT_187093	CAGG	2	8	1982	1989	25 %	0 %	50 %	25 %	409249676
23	NT_187093	GCC	2	6	1990	1995	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249676
24	NT_187093	GAT	2	6	2023	2028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249676
25	NT_187093	AAT	2	6	2048	2053	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249676
26	NT_187093	TAAC	2	8	2067	2074	50 %	25 %	0 %	25 %	409249677
27	NT_187093	ACC	2	6	2108	2113	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249677
28	NT_187093	TGA	2	6	2125	2130	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249677
29	NT_187093	TCC	2	6	2153	2158	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	409249677
30	NT_187093	CTG	2	6	2327	2332	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249677
31	NT_187093	CCGA	2	8	2339	2346	25 %	0 %	25 %	50 %	409249677
32	NT_187093	TTC	2	6	2473	2478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409249677
33	NT_187093	CGG	2	6	2500	2505	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249677
34	NT_187093	GCA	2	6	2507	2512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249677
35	NT_187093	AAG	2	6	2589	2594	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249677
36	NT_187093	GCT	2	6	2605	2610	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249677
37	NT_187093	TCTG	2	8	2633	2640	0 %	50 %	25 %	25 %	409249677
38	NT_187093	GGC	2	6	2698	2703	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249677
39	NT_187093	GAA	2	6	2756	2761	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249677
40	NT_187093	AAGC	2	8	2815	2822	50 %	0 %	25 %	25 %	409249677
41	NT_187093	GAG	2	6	2963	2968	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249677
42	NT_187093	CCG	2	6	2972	2977	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249677
43	NT_187093	ACC	2	6	3023	3028	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249677
44	NT_187093	ATT	2	6	3038	3043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249677
45	NT_187093	CTGG	2	8	3049	3056	0 %	25 %	50 %	25 %	409249677
46	NT_187093	GCG	2	6	3179	3184	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249677
47	NT_187093	GTG	2	6	3200	3205	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249677
48	NT_187093	ATGT	2	8	3248	3255	25 %	50 %	25 %	0 %	409249677
49	NT_187093	ATG	3	9	3318	3326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249677
50	NT_187093	TAA	2	6	3358	3363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249677
51	NT_187093	A	6	6	3362	3367	100 %	0 %	0 %	0 %	409249677
52	NT_187093	GACGG	2	10	3380	3389	20 %	0 %	60 %	20 %	409249677
53	NT_187093	ATTTCC	2	12	3392	3403	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	409249677
54	NT_187093	CTG	2	6	3409	3414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249677
55	NT_187093	CGG	2	6	3421	3426	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249677
56	NT_187093	A	7	7	3457	3463	100 %	0 %	0 %	0 %	409249677
57	NT_187093	TGC	2	6	3480	3485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249677
58	NT_187093	TTA	2	6	3519	3524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249677
59	NT_187093	A	6	6	3533	3538	100 %	0 %	0 %	0 %	409249677
60	NT_187093	CGA	2	6	3631	3636	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249677
61	NT_187093	GAAGC	2	10	3692	3701	40 %	0 %	40 %	20 %	409249677
62	NT_187093	TGG	2	6	3720	3725	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249677
63	NT_187093	CGT	2	6	3773	3778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249677
64	NT_187093	TTGTC	2	10	3793	3802	0 %	60 %	20 %	20 %	409249677
65	NT_187093	AAC	2	6	3906	3911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249677
66	NT_187093	AGG	2	6	3928	3933	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249677
67	NT_187093	CAA	2	6	3943	3948	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249677
68	NT_187093	TGA	2	6	3988	3993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249678
69	NT_187093	A	6	6	4068	4073	100 %	0 %	0 %	0 %	409249678
70	NT_187093	CGC	2	6	4110	4115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249678
71	NT_187093	TGG	2	6	4158	4163	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249679
72	NT_187093	CGC	2	6	4176	4181	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249679
73	NT_187093	CGG	2	6	4204	4209	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249679
74	NT_187093	G	6	6	4208	4213	0 %	0 %	100 %	0 %	409249679
75	NT_187093	CGG	2	6	4222	4227	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249679
76	NT_187093	CGG	2	6	4251	4256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249679
77	NT_187093	GCT	2	6	4273	4278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249679
78	NT_187093	TGA	2	6	4309	4314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249679
79	NT_187093	TAA	2	6	4324	4329	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249679
80	NT_187093	GCA	2	6	4337	4342	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249679
81	NT_187093	TGA	3	9	4751	4759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249679
82	NT_187093	TGG	2	6	4772	4777	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249680
83	NT_187093	GAC	2	6	4816	4821	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249680
84	NT_187093	GGAC	2	8	4853	4860	25 %	0 %	50 %	25 %	409249680
85	NT_187093	CG	3	6	4864	4869	0 %	0 %	50 %	50 %	409249680
86	NT_187093	CGC	2	6	4964	4969	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249680
87	NT_187093	CGG	2	6	5017	5022	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249680
88	NT_187093	TGA	2	6	5132	5137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249680
89	NT_187093	GCT	2	6	5195	5200	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249680
90	NT_187093	GCC	2	6	5211	5216	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249680
91	NT_187093	AGC	2	6	5236	5241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249680
92	NT_187093	ATT	2	6	5251	5256	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409249680
93	NT_187093	GCG	2	6	5318	5323	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249680
94	NT_187093	CTG	2	6	5363	5368	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249680
95	NT_187093	GGA	2	6	5372	5377	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249680
96	NT_187093	AGG	2	6	5497	5502	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249680
97	NT_187093	CAG	2	6	5595	5600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249680
98	NT_187093	GAA	2	6	5613	5618	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249680
99	NT_187093	CGG	2	6	5619	5624	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249680
100	NT_187093	CAA	2	6	5667	5672	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249680
101	NT_187093	GGA	3	9	5696	5704	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249680
102	NT_187093	TC	3	6	5721	5726	0 %	50 %	0 %	50 %	409249681
103	NT_187093	CAT	2	6	5730	5735	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249681
104	NT_187093	TGC	2	6	5759	5764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249681
105	NT_187093	GC	3	6	5795	5800	0 %	0 %	50 %	50 %	409249681
106	NT_187093	TAA	2	6	5841	5846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409249681
107	NT_187093	CGG	2	6	5982	5987	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249681
108	NT_187093	ACA	2	6	6039	6044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249681
109	NT_187093	CTG	2	6	6076	6081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249681
110	NT_187093	CGG	2	6	6096	6101	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249681
111	NT_187093	CGG	2	6	6194	6199	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249681
112	NT_187093	GGC	2	6	6210	6215	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249681
113	NT_187093	TGGTG	2	10	6264	6273	0 %	40 %	60 %	0 %	409249681
114	NT_187093	CA	3	6	6344	6349	50 %	0 %	0 %	50 %	409249681
115	NT_187093	CCAG	2	8	6365	6372	25 %	0 %	25 %	50 %	409249681
116	NT_187093	CAG	2	6	6403	6408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249681
117	NT_187093	TGTC	2	8	6464	6471	0 %	50 %	25 %	25 %	409249681
118	NT_187093	GGC	2	6	6492	6497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249681
119	NT_187093	TGC	2	6	6552	6557	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249681
120	NT_187093	AGG	2	6	6603	6608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	409249681
121	NT_187093	GCC	2	6	6769	6774	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249681
122	NT_187093	CGG	2	6	6779	6784	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249681
123	NT_187093	GAA	2	6	6820	6825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249681
124	NT_187093	TGG	2	6	6828	6833	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249681
125	NT_187093	GGC	2	6	6858	6863	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249681
126	NT_187093	GCA	2	6	6904	6909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249681
127	NT_187093	ATG	2	6	6938	6943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249681
128	NT_187093	TGA	2	6	6957	6962	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249681
129	NT_187093	CTG	2	6	7036	7041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249681
130	NT_187093	AAC	2	6	7084	7089	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409249681
131	NT_187093	CGG	2	6	7134	7139	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249681
132	NT_187093	ACG	2	6	7165	7170	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249681
133	NT_187093	TTG	2	6	7171	7176	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409249681
134	NT_187093	ACC	2	6	7228	7233	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409249682
135	NT_187093	CGG	2	6	7313	7318	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249682
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149	NT_187093	GTT	2	6	7884	7889	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409249683
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244	NT_187093	CAGGA	2	10	13562	13571	40 %	0 %	40 %	20 %	409249692
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256	NT_187093	CGCT	2	8	14025	14032	0 %	25 %	25 %	50 %	409249692
257	NT_187093	ATG	2	6	14075	14080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249692
258	NT_187093	CGG	2	6	14083	14088	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249692
259	NT_187093	GCTG	2	8	14089	14096	0 %	25 %	50 %	25 %	409249692
260	NT_187093	GCG	2	6	14097	14102	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249692
261	NT_187093	GCT	3	9	14105	14113	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249692
262	NT_187093	CTA	2	6	14134	14139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249692
263	NT_187093	TCGC	2	8	14237	14244	0 %	25 %	25 %	50 %	409249692
264	NT_187093	GCA	2	6	14260	14265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249692
265	NT_187093	TGC	2	6	14269	14274	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249692
266	NT_187093	GGT	2	6	14290	14295	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409249692
267	NT_187093	GGCAAT	2	12	14320	14331	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409249692
268	NT_187093	GAT	2	6	14414	14419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409249692
269	NT_187093	GCG	2	6	14429	14434	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249692
270	NT_187093	GGACA	2	10	14443	14452	40 %	0 %	40 %	20 %	409249692
271	NT_187093	GAA	2	6	14552	14557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249692
272	NT_187093	GCG	2	6	14630	14635	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249692
273	NT_187093	CGGG	2	8	14665	14672	0 %	0 %	75 %	25 %	409249692
274	NT_187093	A	6	6	14709	14714	100 %	0 %	0 %	0 %	409249692
275	NT_187093	CG	4	8	14716	14723	0 %	0 %	50 %	50 %	409249692
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277	NT_187093	CAG	3	9	14771	14779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249692
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279	NT_187093	CTG	2	6	14816	14821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249692
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281	NT_187093	CGC	2	6	14884	14889	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249692
282	NT_187093	GC	3	6	14939	14944	0 %	0 %	50 %	50 %	409249692
283	NT_187093	TGC	2	6	14968	14973	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249692
284	NT_187093	ACG	2	6	15060	15065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249692
285	NT_187093	CAGC	2	8	15091	15098	25 %	0 %	25 %	50 %	409249692
286	NT_187093	GCC	2	6	15125	15130	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409249692
287	NT_187093	A	6	6	15150	15155	100 %	0 %	0 %	0 %	409249692
288	NT_187093	AGC	2	6	15171	15176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249692
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290	NT_187093	A	6	6	15215	15220	100 %	0 %	0 %	0 %	409249692
291	NT_187093	CGG	2	6	15225	15230	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249692
292	NT_187093	TTGCGC	2	12	15264	15275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249692
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295	NT_187093	GAA	2	6	15374	15379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409249692
296	NT_187093	GCA	3	9	15391	15399	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249692
297	NT_187093	CAG	2	6	15470	15475	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249692
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301	NT_187093	GCA	2	6	15687	15692	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409249692
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304	NT_187093	AAACT	2	10	15776	15785	60 %	20 %	0 %	20 %	409249692
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.